2010 fick Lotta och magasinet Vitalt Vetande om hälsa den fina utmärkelsen Guldbladet för bästa journalistik.
2006 fick Lotta Skoglund priset för god och grävande vetenskapsjournalistik av SFVJ (Svenska föreningen för vetenskapsjournalistik). Hon fick priset för ett program gjort för UR:s vetenskapsredaktion: Magnetismens okända kraft.
1998 New York film Festivals hedersomnämnande som producent i serien Svenska Ljus.
1978 gick Expressens pris för bästa radioprogram till redaktionen för Öppen Kanal där Lotta Skoglund jobbade då.
